大学･短期大学
熊本大学（黒髪キャンパス）
旧制第五高等学校、旧制熊本医科大学、旧制熊本薬学専門学校等を統合して、1949年に新制熊本大学が開学。第五高等学校時代、小泉八雲や夏目漱石がここで教鞭をとり、池田勇人・佐藤栄作といった戦後を代表する政治家は、この大学の前身である旧制第五高等学校の出身。
熊本大学（医学部・薬学部）
医学部は、医学士教育課程である6年制の医学科と、保健学士教育課程である4年制の保健学科から成る。医学科の卒業生は国家試験を経て医師に、保健学科の卒業生は同様に看護師、放射線技師及び臨床検査技師になることができる。現在キャンパスの再開発が進行中で、平成18年6月には附属病院中央診療棟が完成し、充実した臨床医学教育環境が整いつつある。
熊本学園大学
商学部、経済学部、外国語学部、社会福祉学部から成る。学生数約7200名。平成 6年に熊本商科大学に熊本短期大学を統合、外国語学部、社会福祉学部を増設し大学名を「熊本学園大学」と改称。
熊本県立大学
熊本県立大学の隣に位置し、昭和30年に創設。保育所や乳児院・児童養護施設などの児童福祉施設において児童の保育に従事する専門的職である保育士を養成する学校。
熊本県立保育大学校
熊本県立大学の隣に位置し、昭和30年に創設。保育所や乳児院・児童養護施設などの児童福祉施設において児童の保育に従事する専門的職である保育士を養成する学校。
東海大学 熊本キャンパス
昭和48年に開学。応用情報学部、工学部、農学部から成る。学生数約2500名。熊本キャンパスは、熊本市を横断して流れる白川をはさんでちょうど熊本城の東に位置し、JR豊肥本線「東海学園前」駅のすぐ目の前がキャンパスで、熊本駅からもＪＲで約15分。キャンパス周辺には、立田自然公園などがある。
熊本県立技術短期大学校
産業構造変革の時代が求める優れた人材を育成するために菊池郡菊陽町に設立。平成9年4月開校。生産技術科、産業機械科、電子技術科、情報技術科、映像システム技術科から成る。
崇城大学
平成12年に熊本工業大学から崇城大学に改称。工学部 、情報学部、生物生命学部、芸術学部、薬学部から成る。
九州ルーテル学院大学
九州女学院短期大学（女子のみ）を改組転換して1997年に開学。開学当初は男女共学の九州ルーテル学院大学が、女子校である九州女学院中学校・高等学校と同一敷地内にあったが、現在は中学校・高等学校とも男女共学のルーテル学院中学・高等学校となっている。
尚絅大学･短期大学部 九品寺キャンパス
総合生活学科・食物栄養学科を収容。熊本市の中心部に広がり、尚絅学園の発祥となった尚絅高校と、学園本部もキャンパス内にある。また、図書館の蔵書12万冊。
熊本保健科学大学
熊本市の北部に位置し、緑豊かな環境。財団法人化学及血清療法研究所が創設した化血研衛生検査技師養成所、学校法人銀杏学園・銀杏学園短期大学を経て、4年制大学「熊本保健科学大学」となる。校舎は直径132mのフラットな平屋の独創的なデザイン。
平成音楽大学
平成13年に熊本音楽短期大学から平成音楽大学へ。これにより九州における初めての音楽大学の誕生となる。学部構成は音楽学部音楽学科、音楽学部幼児音楽教育学科の一学部二学科。声楽コース、ピアノコース、管弦打楽コース、作曲コース、電子オルガンコース、サウンドデザインコース、音楽教育コース、音楽療法コースを置く。スクールバスが出ており、熊本市内からでも通学可能。
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